Η Συλλογή Χειρόγραφων Κωδίκων και Εγγράφων περιλαμβάνει περίπου 450 έργα, που χρονολογούνται από τον 6ο έως τον 19ο αιώνα και παρέχουν πολύτιμες πληροφορίες για την ιστορία και τη χρήση των βυζαντινών και μεταβυζαντινών κωδίκων, την εξέλιξη της γραφής, της εικονογράφησης και της στάχωσης.

Πυρήνα της συλλογής αποτέλεσαν οι κώδικες τους οποίους είχε συγκεντρώσει από δωρεές η Χριστιανική Αρχαιολογική Εταιρεία. Επίσης, οι χειρόγραφοι κώδικες από τη μονή της Κοίμησης της Θεοτόκου στο Μπάτσκοβο της Ανατολικής Ρωμυλίας (στη σημερινή Βουλγαρία), που περιήλθαν στο Βυζαντινό και Χριστιανικό Μουσείο το 1920, όπως και οι βυζαντινοί κώδικες από την Ανατολική Θράκη και τη Μικρά Ασία που παραδόθηκαν στο Μουσείο το 1923 μαζί με τα «Κειμήλια Προσφύγων».

Περί το 1923, η συλλογή εμπλουτίστηκε και με άλλους κώδικες ποικίλων προελεύσεων, όπως τα εικονογραφημένα χειρόγραφα από τη μονή Τιμίου Προδρόμου Σερρών. Το 1979, με την παραχώρηση της συλλογής Λοβέρδου στο Μουσείο, περιήλθαν 180 ακόμα σημαντικοί κώδικες που χρονολογούνται τον 18ο -19ο αιώνα.

Οι παλαιότεροι κώδικες της συλλογής χειρογράφων του Μουσείου προέρχονται από τα «Κειμήλια Προσφύγων», όπως το φύλλο πορφυρού κώδικα, που χρονολογείται τον 6ο αιώνα και ανήκει στον πορφυρό κώδικα Ν (Codex Purpureus Petropolitanus), ο οποίος σήμερα βρίσκεται στην Κρατική Βιβλιοθήκη της Αγίας Πετρούπολης. Στον 11ο αιώνα χρονολογείται το εικονογραφημένο ευαγγελιστάριο από το ναό του Αγίου Γρηγορίου Νύσσης στην Τραπεζούντα, με πολύτιμες ενθυμήσεις και μεταγενέστερες προσθήκες που μαρτυρούν τη συνεχή χρήση του ως και τον 19ο αιώνα.

Ο 14ος και ο 15ος αιώνας εκπροσωπούνται με σημαντικούς κώδικες. Ένα από τα σημαντικότερα αντικείμενα της συλλογής είναι ο χρυσόβουλλος λόγος του Ανδρόνικου Β΄ Παλαιολόγου, με μικρογραφία του αυτοκράτορα να παραδίδει το χρυσόβουλλο στον Χριστό, ακολουθώντας παλαιότερα πρότυπα αυτοκρατορικής εικονογραφίας. Το χρυσόβουλλο του Μουσείου χρονολογείται στο 1301.

Τα εικονογραφημένα μεταβυζαντινά χειρόγραφα μαρτυρούν τα χαρακτηριστικά της μεταβυζαντινής ζωγραφικής και τα καλλιτεχνικά ρεύματα που έρχονται από διάφορες περιοχές της Ορθοδοξίας, κυρίως από τις παραδουνάβιες ηγεμονίες. Το κυριότερο όμως είναι ότι συμβάλλουν σημαντικά στην κατανόηση της εποχής τους, καθώς κάθε κώδικας παρέχει πολλαπλές πληροφορίες. Η μικρογραφική ζωγραφική δεν μένει αδιάφορη στα καλλιτεχνικά ρεύματα και στα νέα θέματα που έρχονται από τη Δύση, ενώ οι επαγγελματίες αντιγραφείς κειμένων προαναγγέλλουν την καθιέρωση της τυπογραφίας και την κυριαρχία του εντύπου.
Μεταξύ των σημαντικότερων μεταβυζαντινών κωδίκων της συλλογής συγκαταλέγονται το ψαλτήριο του α΄ μισού του 17ου αιώνα που υπογράφει ο Λουκάς ο Κύπριος, μετέπειτα μητροπολίτης Ουγγροβλαχίας.

Την καταλογογράφηση της συλλογής χειρογράφων του Βυζαντινού και Χριστιανικού Μουσείου εκπόνησαν σταδιακά οι βυζαντινολόγοι Νικόλαος Βέης (1906) και Δημήτριος Πάλλας (1933, 1955).


Παλαίτυπα: Τα παλιά έντυπα βιβλία του Μουσείου, περίπου 200, έχουν εκδοθεί από τον 16ο ως τον 19ο αιώνα και προέρχονται από τα σημαντικότερα τυπογραφεία της Βενετίας, των Βαλκανίων και της Κεντρικής Ευρώπης. Οι εκδόσεις αυτές καταδεικνύουν ότι οι Έλληνες λόγιοι της διασποράς έπαιξαν από τις πρώτες δεκαετίες του 16ου αιώνα καθοριστικό ρόλο στη διαμόρφωση της εκδοτικής δραστηριότητας στην Ευρώπη και τα Βαλκάνια.

Το παλαιότερο βιβλίο της συλλογής, «Φιλοστράτου Βίων Σοφιστών», έχει εκδοθεί το 1503 στη Βενετία από τον Άλδο Μανούτιο, ενώ μεγάλο ενδιαφέρον παρουσιάζουν ορισμένα παλαίτυπα που η έκδοσή τους παραμένει μέχρι σήμερα ακαταλογογράφητη στην ελληνική και ξένη βιβλιογραφία.


Η Συλλογή Ανθιβόλων και Σχεδίων του Βυζαντινού και Χριστιανικού Μουσείου, μία από τις σημαντικότερες και πλουσιότερες του είδους, αριθμεί περί τα 3.500 έργα. Τα περισσότερα είναι σχεδιασμένα με κάρβουνο ή μελάνι, ενίοτε και χρώματα, ενώ άλλα φέρουν γραπτές εικονογραφικές υποδείξεις ή οδηγίες σχετικές με τα χρώματα.

Τα αγιογραφικά σχέδια και ανθίβολα (σχέδια εργασίας των μεταβυζαντινών ζωγράφων) συγκροτήθηκαν σε συλλογή μόλις τη δεκαετία του 1960, όταν στο Μουσείο περιήλθαν από αγορές 3.000 νέα αποκτήματα, τα οποία χρονολογούνται στην πλειονότητά τους από τον 17ο έως τον 19ο αιώνα και προέρχονται από το εργαστήριο του Κερκυραίου αγιογράφου Νικολάου Κουρτελέση.

Το 1962 περιήλθε στο Μουσείο ως δωρεά του διευθυντή του Μουσείου Γ. Σωτηρίου το παλαιότερο σχέδιο της συλλογής, ένα φύλλο του 15ου-16ου αιώνα από το Σινά, που εικονίζει τον Ενταφιασμό και τη Μετάσταση του Ιωάννη του Θεολόγου. Τμήμα επίσης της συλλογής αποτελεί η δωρεά του Κωνσταντινουπολίτη λόγιου ιατρού Αλέξανδρου Πασπάτη προς τη ΧΑΕ (1890). Πρόκειται για σειρά υδατογραφιών και σχεδίων βυζαντινών ναών και μονών της Κωνσταντινούπολης που φιλοτέχνησε, με τη φροντίδα του Α. Πασπάτη, ο Α. Μαναράκης στα τέλη του 19ου αιώνα.

Στη συλλογή περιλαμβάνονται επίσης σχέδια του Γερμανού ζωγράφου Λουδοβίκου Θειρσίου (19ος αι.), τα οποία ο ίδιος δώρισε το 1893 στη ΧΑΕ. Πρόκειται για 150 περίπου προσχέδια εικονογράφησης ναών, τα περισσότερα με κάρβουνο. Πολύτιμο τμήμα της συλλογής αποτελεί τέλος και το αρχείο σχεδίων του ζωγράφου Σπυρίδωνα Χατζηγιαννόπουλου, το οποίο κληροδότησε ο ίδιος στη ΧΑΕ το 1905.


Η Συλλογή Χαρακτικών του Βυζαντινού και Χριστιανικού Μουσείου περιλαμβάνει 550 σημαντικά έργα, χαλκογραφίες, λιθογραφίες, χρωμολιθογραφίες, χαλκογραφημένα αντιμήνσια και ξυλογραφίες, που όλα χρονολογούνται τον 18ο  και 19ο αιώνα. Η εξέλιξη της τυπογραφίας και η διάδοση των εντύπων ευνόησε ιδιαίτερα την ευρεία χρήση των χαρακτικών.

Τα πρώτα χαρακτικά που περιήλθαν στο Μουσείο απεικονίζουν μονές του Αγίου Όρους και προέρχονται από τη συλλογή της Χριστιανικής Αρχαιολογικής Εταιρείας. Τα περισσότερα όμως, 275 τον αριθμό, αποκτήθηκαν πολύ αργότερα, το 1963, με αγορά από τον Κερκυραίο Γ. Ν. Κουρτελέση. Η συλλογή χαλκογραφιών του Βυζαντινού και Χριστιανικού Μουσείου τεκμηριώνει την ευρεία κυκλοφορία των χαρακτικών κατά τον 18ο και 19ο αιώνα ιδίως στα Βαλκάνια, αλλά και τη στενή σύνδεσή τους με τη ζωγραφική της εποχής, καθώς συχνά φέρουν την υπογραφή γνωστών ζωγράφων και χαρακτών, π.χ. του Νικολάου από τη Χίο, του Giannantonio Zuliani, του Χριστόφορου Ζεφάρ κ.ά.