Η Συλλογή Πινάκων του Μουσείου περιλαμβάνει περί τα 110 έργα ζωγραφικής θρησκευτικού και κοσμικού περιεχομένου, κυρίως εικόνες και παραστάσεις των ιερών προσκυνημάτων των Αγίων Τόπων και περιορισμένο αριθμό προσωπογραφιών (18ος-20ός αι.). Οι πίνακες έχουν φιλοτεχνηθεί σε μουσαμά, χαρτόνι ή βιομηχανοποιημένο ξύλο, κυρίως με την τεχνική της ελαιογραφίας ή της τέμπερας.

Τα περισσότερα αντικείμενα, ζωγραφισμένα σε μουσαμά, έχουν θρησκευτικό περιεχόμενο και χρονολογούνται στον 18ο και 19ο αι. Μεταξύ αυτών ξεχωρίζουν έργα των Επτανησίων ζωγράφων (18ος-19ος αι.), στα οποία είναι εμφανής η σύνδεση της Ορθόδοξης εικονογραφίας και τεχνοτροπίας με στοιχεία από την Ιταλία, τη φλαμανδική τέχνη, τον μανιερισμό και το μπαρόκ.
Στη συλλογή του ΒΧΜ συμπεριλαμβάνονται ακόμα εικόνες του 19ου αιώνα, ορισμένα έργα δυτικής τεχνοτροπίας, καθώς και δείγματα της ναζαρηνής ζωγραφικής, όπως αυτή εκφράστηκε από τον Λουδοβίκο Θείρσιο και τον μαθητή του Σπυρίδωνα Χατζηγιαννόπουλο, οι οποίοι επέβαλαν στην Ελλάδα ένα νέο καλλιτεχνικό ύφος που απηχεί τις αισθητικές αντιλήψεις της συγκεκριμένης σχολής.

Ειδική κατηγορία της συλλογής μπορούν να θεωρηθούν οι απεικονίσεις των ιερών προσκυνημάτων των Αγίων Τόπων• πρόκειται για ελαιογραφίες σε μουσαμά που χρονολογούνται τον 19ο αιώνα. Μαζί με τα χειρόγραφα προσκυνητάρια των Αγίων Τόπων, αποτελούν μαρτυρία για τα ταξίδια των Ορθοδόξων χριστιανών στους τόπους όπου έζησε ο Χριστός. Η αξία τους έγκειται κυρίως στις πληροφορίες που παρέχουν για τα μνημεία-προσκυνήματα της Παλαιστίνης. Στα έργα αυτά, που είναι συνήθως αφιερώματα προσκυνητών, εικονίζεται κατά κανόνα, μεταξύ των άλλων, ο ναός της Αναστάσεως, το σημαντικότερο προσκύνημα στην Ιερουσαλήμ.