Εργαστήριο Συντήρησης Χαρτιού
Το Μουσείο διαθέτει μία συλλογή περίπου 5.000 χειρογράφων, εντύπων και χάρτινων έργων. Ωστόσο, μόλις τη δεκαετία του 1980 προσλαμβάνεται μια συντηρήτρια για τη φροντίδα της συλλογής, η οποία όμως, λόγω έλλειψης κατάλληλων υποδομών, πραγματοποιεί κυρίως σωστικές επεμβάσεις και απλές εργασίες.
Οι ανάγκες μελέτης, συντήρησης και ανάδειξης της συλλογής οδηγούν το 1995 στη στελέχωση του εργαστηρίου με ειδικευμένους συντηρητές, όπως και στη δημιουργία νέου χώρου στέγασης του εργαστηρίου. Αποτέλεσμα της δεκαετούς προσπάθειας προς αυτή την κατεύθυνση είναι η παρουσίαση της πολύτιμης συλλογής των χειρογράφων, των εντύπων και των χάρτινων έργων τέχνης στη νέα έκθεση του Μουσείου που εγκαινιάστηκε το 2004.
Επιπλέον, για πάνω από δέκα χρόνια, στο εργαστήριο λαμβάνονται μέτρα για την προληπτική συντήρηση των έργων και πραγματοποιούνται εργασίες υποδομής με την καταγραφή, φωτογράφηση και αναδιοργάνωσή τους.
Η συλλογή έχει οργανωθεί σε τέσσερις ομάδες: σχέδια (π.χ. με μολύβι, ανθίβολα κ.ά), ζωγραφικά έργα (ακουαρέλες, τέμπερες κ.ά.), χειρόγραφα (κώδικες, έγγραφα κ.ά), και έντυπα (παλαίτυπα, χαρακτικά κ.ά), οι οποίες συντηρούνται κατά προτεραιότητα, ανάλογα με τις ανάγκες που προκύπτουν από την κατάσταση διατήρησής τους και από τις δραστηριότητες του Μουσείου (εκθέσεις, εκδόσεις κ.ά.).
Στα σχέδια ανήκει μια ομάδα προσχεδίων για τοιχογραφίες του αγιογράφου Λουδοβίκου Θείρσιου, τα οποία παρουσιάζουν ιδιαίτερο εικαστικό και ιστορικό ενδιαφέρον αλλά και μια ιδιαιτερότητα λόγω του μεγάλου μεγέθους τους, που φτάνει ως και 12,5 μέτρα. Αποτελούνται συνήθως από δύο ή και περισσότερα τμήματα χαρτιού, που συνθέτουν κυρίως θρησκευτικά θέματα. Πολλά από αυτά φυλάσσονταν σε διαφορετικές θέσεις στις αποθήκες του Μουσείου. Η ένωση των τμημάτων, η φωτογράφηση αλλά και η συντήρησή τους είναι εργασίες με ιδιαίτερες απαιτήσεις τόσο σε επίπεδο μέσων όσο και τεχνικής.
Στην ομάδα των σχεδίων συμπεριλαμβάνονται επίσης προσχέδια (ανθίβολα) που αριθμούν 3.700 αντικείμενα ποικίλων διαστάσεων. Σχεδόν τα μισά από αυτά έχουν ήδη συντηρηθεί και έχουν τοποθετηθεί σε διάφανους φακέλους από πολυεστερική μεμβράνη.
Η ομάδα των χειρογράφων περιλαμβάνει μεγάλο αριθμό κωδίκων (χειρόγραφων βιβλίων) τα οποία διατηρούν την αρχική τους βιβλιοδεσία (πινακίδες, υλικό καλύμματος, κεφαλάρια) και συνιστούν ανεκτίμητο υλικό για μελέτη. Για το λόγο αυτό δίνεται ιδιαίτερη έμφαση στην προληπτική συντήρησή τους, ενώ οι επεμβάσεις περιορίζονται στις απολύτως απαραίτητες, με στόχο τη διατήρηση, όσο το δυνατόν, της αυθεντικότητάς τους.
Όλα τα βιβλία (χειρόγραφα και έντυπα) της συλλογής έχουν υποστεί προληπτική απεντόμωση με τη μέθοδο του αζώτου και είναι τοποθετημένα πλέον σε αντιόξινα κουτιά.
Το εργαστήριο έχει μεριμνήσει για την ψηφιακή φωτογράφηση όλων των αντικειμένων της συλλογής, με σκοπό τη δημιουργία μίας ηλεκτρονικής βάσης δεδομένων, η οποία επιτρέπει τη μελέτη του υλικού χωρίς την καταπόνησή του.
Σήμερα το εργαστήριο απασχολεί τέσσερις συντηρητές. Επιβλέπει τελειόφοιτους σπουδαστές που εκπονούν την πρακτική τους άσκηση, ενώ συμμετέχει ενεργά σε όλες τις δραστηριότητες του Μουσείου.
 | Μια περίπτωση συντήρησης ενός ανθιβόλου που έχει υποστεί προηγούμενες επεμβάσεις είναι αυτή του διάτρητου ανθιβόλου σε χειροποίητο χαρτί και με θέμα «Εγώ ειμί η άμπελος» (ΒΧΜ 17379). Στη φωτογραφία το ανθίβολο πριν από τη συντήρηση. |
 | Μια περίπτωση συντήρησης ενός ανθιβόλου που έχει υποστεί προηγούμενες επεμβάσεις είναι αυτή του διάτρητου ανθιβόλου σε χειροποίητο χαρτί και με θέμα «Εγώ ειμί η άμπελος» (ΒΧΜ 17379). Στη φωτογραφία το ανθίβολο μετά τη συντήρηση. |
 | Το ανθίβολο με θέμα «Εγώ ειμί η άμπελος» (ΒΧΜ 17379) είχε φοδραριστεί στη δεκαετία του 1960 με βιομηχανικό χαρτί κακής ποιότητας με ζωική κόλλα, προκαλώντας στο έργο έντονες ανωμαλίες στην επιφάνειά του. Επίσης, στο παρελθόν είχε γίνει προσπάθεια απομάκρυνσης του φοδραρίσματος με μηχανικό τρόπο προκαλώντας εκδορά του χαρτιού. Στη φωτογραφία διακρίνεται λεπτομέρεια του ανθιβόλου πριν τις εργασίες συντήρησης. |
 | Κατά τη διάρκεια της συντήρησης απομακρύνθηκε η παλιά φόδρα, ενώ κατά τη διάρκεια του υγρού καθαρισμού έγιναν στερεώσεις και συμπληρώσεις με ιαπωνικό χαρτί κατάλληλου πάχους και κόλλα S.C.M.C. Στη φωτογραφία διακρίνεται λεπτομέρεια μετά τη συντήρηση. |
 | Το αμφιπρόσωπο προσχέδιο με θέμα «Ιππέας λογχίζει πεζό» (ΒΧΜ 17421) είναι άλλη μια ενδεικτική περίπτωση. Το προσχέδιο είναι πάνω σε βιομηχανικό χαρτί, με το ίδιο θέμα και στις δύο όψεις, το οποίο συντηρήθηκε το 1999 στο εργαστήριο χαρτιού. Στη φωτογραφία διακρίνεται το προσχέδιο πριν από τη συντήρηση. |
 | Το αμφιπρόσωπο προσχέδιο με θέμα «Ιππέας λογχίζει πεζό» (ΒΧΜ 17421) είναι άλλη μια ενδεικτική περίπτωση. Το προσχέδιο είναι πάνω σε βιομηχανικό χαρτί, με το ίδιο θέμα και στις δύο όψεις, το οποίο συντηρήθηκε το 1999 στο εργαστήριο χαρτιού. Στη φωτογραφία διακρίνεται το προσχέδιο πριν από τη συντήρηση. |
 | Περιμετρικά του έργου (ΒΧΜ 17421) υπήρχαν σχισίματα και τσακίσεις, ενώ στην πάνω δεξιά γωνία υπήρχε απώλεια χαρτιού. Το χαρτί στο σύνολό του ήταν αποδυναμωμένο. |
 | Κατά τη διάρκεια της συντήρησης του έργου (ΒΧΜ 17421) έγιναν εργασίες στερεώσεων και συμπληρώσεων με ιαπωνικό χαρτί κατάλληλου πάχους και κόλλα S.C.M.C., καθώς και αισθητική αποκατάσταση στα σημεία των συμπληρώσεων, με ακουαρέλα. Στη φωτογραφία διακρίνεται το προσχέδιο μετά τη συντήρηση. |
 | Κατά τη διάρκεια της συντήρησης του έργου (ΒΧΜ 17421) έγιναν εργασίες στερεώσεων και συμπληρώσεων με ιαπωνικό χαρτί κατάλληλου πάχους και κόλλα S.C.M.C., καθώς και αισθητική αποκατάσταση στα σημεία των συμπληρώσεων, με ακουαρέλα. Στη φωτογραφία διακρίνεται το προσχέδιο μετά τη συντήρηση. |